Kisah Steins; Gate terjadi di Akihabara dan berkisah tentang sekelompok teman yang telah berhasil menyesuaikan microwave mereka menjadi perangkat yang dapat mengirim pesan teks ke masa lalu. Saat mereka melakukan eksperimen yang berbeda, sebuah organisasi bernama SERN yang telah melakukan penelitian mereka sendiri tentang perjalanan waktu melacak mereka dan sekarang karakter harus menemukan cara agar tidak tertangkap oleh mereka.