Ceritanya berfokus pada protagonis berusia 16 tahun, Akira Kurusu, yang dipindahkan ke Sekolah Menengah Shujin di Tokyo setelah dia digugat oleh seorang pria dengan koneksi politik atas kekerasan yang tidak ada ketika Akira menyelamatkan seorang wanita dari penganiayaan oleh manusia, menuju masa percobaannya. Sesampainya di Tokyo, dia menemukan aplikasi misterius dipasang ke teleponnya yang memungkinkan dia memasuki dunia lain yang terbentuk dari hati orang dewasa yang korup di mana dia membangkitkan kekuatannya yang disebut Persona. Selama berada di sana, ia bergabung dengan dua rekan siswa Ryuuji Nakamoto dan Anne Takamaki, dan makhluk mirip kucing yang bisa berubah bentuk yang dikenal sebagai Morgana. Merasa tertekan oleh lingkungan mereka, keempatnya membentuk kelompok yang dikenal sebagai “Pencuri Hati Hantu” untuk mencuri hati orang dewasa yang korup dan mereformasi masyarakat.