Semua orang di Planet Clockwork menganggap Naoto Miura adalah maniak mesin yang aneh. Setiap saat dia selalu memikirkan dan mengutak-atik mesin-mesin yang sulit. Tapi, tidak ada yang mengerti bagaimana caranya dia bisa mendengar dan merasakan roda gigi yang sedang bekerja bahkan dalam jarak jauh sekalipun. Lalu pada suatu hari, seorang gadis clockwork jatuh dari langit, menandai kejadian yang akan mengguncang seluruh dunia…