Ceritanya mengikuti seorang siswa sekolah menengah bernama Kei Nagai yang terjebak dalam kecelakaan lalu lintas, meninggal, tetapi langsung hidup kembali dan mengetahui bahwa dia bukan manusia, melainkan Ajin, makhluk misterius yang tidak bisa mati. Takut, dia melarikan diri dari manusia yang memburunya, dibantu oleh temannya, Kai, yang bergabung dengannya dalam pelariannya dari peradaban. Dia kemudian terlibat dalam konflik antara manusia dan Ajin dan harus memilih salah satu pihak.